Auf nationalem Level koordiniert JUNES die Aktivitäten seiner Mitgliedervereine und realisiert selbst eine Vielzahl an unterschiedlichen Projekten. Das grösste Projekt ist JUNESMUN, eine jährliche nationale Model United Nations Konferenz mit Teilnehmenden aus allen Landesregionen. Jedes Jahr stehen andere Komitees im Fokus, die Themen sind vielfältig und entsprechen jeweils den Themen, die in der UNO aktuell diskutiert werden. Ein anderes zentrales Projekt ist ISYFUN, das Intra-Swiss Forum on the United Nations. Die Teilnehmenden profitieren von einem Besuch des UNO Hauptquartiers in Genf und einem bereichernden Rahmenprogramm.

Weitere Aktivitäten, die jährlich stattfinden, schliessen unter anderen einen UNO Workshop, einen MUN Workshop (Training im Bereich Rhetorik, Rules of Procedure o.ä.), eine Podiumsdiskussion und MiniMUN (Model United Nations Events an Gymnasien) ein.

Zudem finden auch jedes Jahr einmalige Projekte statt. Im 2011 beispielsweise fand im April eine grosse Jugend UNO Generalversammlung im Bundeshaus statt, anlässlich des „Deiss-Jahrs“.

Einen genaueren Einblick in unsere Aktivitäten bietet unser aktuellster Jahresbericht: